Perioada de păstrare a documentației în cadrul AEMP este de cel puțin cinci ani. Cu toate acestea, alte dispoziții legale, precum cele referitoare la dosarele pacienților, pot prevedea perioade diferite. Articolele 194 și următoarele din Codul civil german (BGB) reglementează termenele de prescripție, care pot varia între trei și 30 de ani, în funcție de cererea de despăgubiri. De exemplu, documentația privind cererile de despăgubiri bazate pe vătămarea vieții sau a sănătății trebuie păstrată timp de până la 30 de ani.
Termenul de păstrare de zece ani prevăzut la articolul 630f din BGB, care se aplică dosarelor pacienților, nu trebuie confundat cu termenul de prescripție. Acest termen începe să curgă abia în momentul în care persoana în cauză a luat cunoștință de circumstanțele care justifică cererea sa.